Im Jahre 1084 tritt die Abtei St. Arnulf ihren Besitz in Hönningen an das Stift St. Kunibert in Köln ab. Aus diesem Grunde ist auch St. Kunibert der Kirchenpatron der Pfarrei Hönningen. Der Liber valoris nennt Hönningen 1316 als Pfarrei Hönningen. Im Jahre 1494 trat das Stift St. Kunibert seine Rechte in Hönningen an die Johanniterkommende in Adenau, die bereits seit 1291 in Hönningen begütert waren, ab. Über 300 Jahre gehörte Hönningen mit seinen Filialen Dümpelfeld, Niederadenau und Liers den Johannitern.
Der Erweiterungsbau der Kirche wurde 1896 eingeweiht. Auf dem Schlußstein der Kirche sehen wir neben dem Johanniterkreuz das Wappen derer von Orsbeck, die als Herren von der Wensburg auch Grundherren von Hönningen waren.Politisch gehörte Hönningen bis 1246 zur Grafschaft Are; seit dieser Zeit zum kurkölnischen Amte Altenahr, in dem es eine eigene Vogtei war.

1816 kam Hönningen zum Bürgermeisterei Brück im Kreis Adenau. Seit 1923 gehört es zum Amt Altenahr.
1972 fusionierten die Orte Hönningen und Liers zur Ortsgemeinde Hönningen.